В девяностые годы Россия находится в глубоком кризисе. Из-за экономических проблем и девальвации профессии музыканта многие родители отказываются учить своих детей музыке. Но в хоровой капелле классы и коридоры полны звонких мальчишеских голосов, а из инструментальных классов доносятся звуки фортепиано, скрипки, саксофона, флейты, гитары, баяна и аккордеона.

В 1993 году в капеллу приходит выпускник Пермского музыкального училища и Горьковской (ныне Нижегородской) государственной консерватории Василий Васильевич Грачев. Это целая эпоха в развитии хоровых коллективов капеллы. За годы его работы (1993 – 2008) он прошел путь от преподавателя до художественного руководителя капеллы. Талантливый хормейстер, умелый организатор, он реализует главный девиз капеллы - «Мужское певческое братство». Именно Грачев сформировал состав хора юношей, ставший победителем самых престижных хоровых конкурсов: Гран-при международного конкурса «Звучит Москва» (2001), Лауреат I степени Всероссийского конкурса «Поющее мужское братство» (Калуга, 2007), Гран-при и Лауреат I степени Всероссийского конкурса «Поющее мужское братство» (Санкт-Петербург, 2007), Гран-при на Краевом фестивале – конкурсе им Д. Б. Кабалевского (г. Чайковский, 2001) и других. Хор, состоящий из учащихся старших классов и выпускников, даже сегодня является визитной карточкой Капеллы и единственным мужским хором на западном Урале. Некоторые выпускники: Бабий Алексей, Чугаев Александр, Рудаков Константин, Шакуровы Роберт и Артур, Мошев Владимир, Ивонин Антон, Первушин Павел, Чечкин Алексей поют в этом уникальном коллективе по сей день.

В 1994 году в капеллу приходит Заслуженный работник культуры РФ В. П. Цыганов, который становится третьим художественным руководителем капеллы (с 1994 по 2000г. г. и с 2008 по 2014г. г.). Он руководит Концертным хором мальчиков и смешанным хором, в котором поют мальчики и юноши. Под его управлением хоровые коллективы впервые завоевали Гран-при и Хрустальный кубок Международного конкурса города Нанси (Франция, 1995), Гран-при на Краевом фестивале – конкурсе им Д. Б. Кабалевского (Чайковский, 1997), звание Лауреата II cстепени международного конкурса хоровых коллективов «Звучит Москва» (Москва, 1998) и многие другие. Главная задача В. П. Цыганова -  сохранение традиций и развитие культуры мужского хорового пения. Концертные залы Москвы, в которых сольные программы в эти годы исполняли хоровые коллективы капеллы: Большой зал Московской Государственной консерватории, Концертный зал им. П. Чайковского, концертные залы музеев им. М. Глинки и А. Пушкина, Центральный дом композиторов (исполнение конкурсных программ) и Российский фонд культуры.

Очень часто юных капеллан приглашают участвовать в спектаклях Пермского театра оперы и балета им. П. И. Чайковского («Кармен», «Пиковая дама», «Пена дней», «Липанюшка»). В эти годы художественный руководитель Пермского театра кукол И. Н. Тернавский ставит премьеру спектакля «Маугли» и ищет поющего мальчика на главную роль. Учащийся капеллы Лев Пручковский становится исполнителем главной роли и в течении пяти лет играет Маугли наравне с профессиональными актерами. Еще одним интересным событием культурной жизни стали гастроли в Перми «Театра на Таганке», во время которых, Юрий Любимов показал пермякам спектакль «Борис Годунов» с В. Золотухиным в главной роли. Для демонстрации спектакля не хватало только трех юных артистов (ребят из Москвы просто не отпустили из школы на длительные гастроли). Три ученика: Лев Пручковский, Илья Трухин и Андрей Булычев приняли участие в спектакле со звездным составом артистов прославленного театра. Ю. Любимов остался доволен уровнем и актерскими способностями юных капеллан, а в школе до сих пор хранится фотография маленьких артистов со знаменитым режиссером.

В 1993 году в капелле появляется ансамбль скрипачей, инициатором и руководителем которого, стал преподаватель капеллы по классу скрипки О. В. Ибрагимова. Ансамбль, в состав которого входят учащиеся и выпускники капеллы, существует до сих пор и занимает почетное место в концертной афише не только капеллы, но и города. Ансамбль является участником концертов с камерным оркестром «Орфей», городских концертных проектов и отчетных концертов капеллы.

В 1995 г. в Хоровую капеллу из г. Кизела приезжают работать два талантливых преподавателя, разработавшие свою индивидуальную программу интенсивного развития учащихся - Бояршинова И.Л. и Маноцкова Л. П. Это послужило мощным толчком для нового развития капеллы по фортепиано и теоретическим предметам. Программу зарегистрировали как экспериментальную площадку, а через три года ей официально был присвоен статус «Авторской». После этого в капелле открывается отделение интенсивного творческого развития учащихся. Именно на этом отделении учатся дети, которые участвуют только в профессиональных конкурсах от городского до международного уровней по фортепиано и теории музыки. Учащиеся отделения становятся обладателями звания стипендиатов президентского фонда «Молодые дарования России», фонда «Новые имена, Всероссийского образовательного фонда «Таланты и успех». Учащийся этого отделения Максим Тарасов в эти годы стал первым участником Детского симфонического концерта в Театре оперы и балета им. П. И. Чайковского. На базе отделения лучшие учащиеся ДМШ города проходили обучение в классе Маноцковой Л. П. по теоретическим дисциплинам для подготовки к поступлению в Московские ссузы и вузы. Среди них Мария Слащева, Дмитрий Крюков, Алена Надеждина, Наталья Калашникова и многие другие.

В этот период выпустилось много капеллан, которые связали свою профессиональную деятельность с музыкой: Грызлин Андрей (Академический хор Свердловской филармонии), Целебровский Владимир (Солист Академии молодых оперных певцов Мариинского театра, Заслуженный артист Республики Карелия, Дипломант международных и всероссийских конкурсов), Черемухин Дмитрий (Дирижер военного оркестра г. Омск), Хубеев Александр (Композитор), Лаптев Максим (Солист «Хорус -  квартет» г. Пермь), Тарасов Максим (Пианист, выпускник Московской консерватории), Соловьев Алексей (Уральский камерный хор), и многие другие.

В капелле происходят и кадровые перестановки. В 2002 году директором капеллы становится Л. П. Самсонова, проработавшая в школе с 1985 года, пройдя путь от преподавателя хоровых и теоретических дисциплин, заведующего хоровым и теоретическим отделением, заместителем директора по концертной и внеклассной работе до руководителя учреждения. В команде нового директора заместителем по учебно-методической работе стала Т. В. Абуро-Руденко и заместителем по концертно-внеклассной деятельности - Л. Д. Кисилева. В этот период выходит закон об обязательной аттестации учреждений культуры, и Хоровая капелла получает статус учреждения высшей квалификационной категории.